潜伏期：普通７〜１０日（５〜２１日）

症状：カタル期（１〜２週間）；はじめは感冒様症状で、咳が夜間ひどいです。

痙咳期（約１ヵ月）；連続性咳嗽、特有な内へひく咳が見られます。乳児では無呼吸発作、痙攣を来すことがあるので要注意。機序は不明ですが脳炎にも要注意。

回復期（２〜３週間）；強い咳はゆっくり消失する。

診断：菌の同定以外に、ペア血清で4倍以上の抗体価上昇があるか、シングル血清で40倍以上であれば診断価値が高いと言われています。ELISAやPCRによる方法もあります。

合併症：肺炎、無気肺、中耳炎、脳炎、痙攣

治療：マクロライド系抗生剤（エリスロマイシン、クラリスロマイシン）を７〜１４日内服。初期に内服すれば早く治ります。抗生剤以外は対症療法。部屋の空気が乾燥しないようにします。水分を補給し、脱水に注意する。

予後：死亡率は日本では１％以下。小さい子供（特に生後６ヵ月未満）ほど重症で死亡率も高い。

感染期間：カタル期〜４週間、濃厚な接触では７０〜８０％感染します。エリスロシンを内服すれば菌は１〜２日で死滅するので伝染しません。

登校停止：百日咳は学校において予防すべき伝染病第2種に定められており、特有の咳が消失するまで出席停止です。ただし、医師によりその病状から伝染のおそれがないと認められたときは、この限りではありません。

入浴：状態がよければ可。

注意：チアノーゼ、無呼吸発作、脳症、衰弱、肺炎の場合や、３〜４ヵ月以下の乳児で百日咳症状のある場合は入院を要す。抗生剤の予防内服（７日間）は有効との報告もあります。